Для того, чтобы в программе 1С для НКО 4.4 в книгу "Доходы и расходы", в 4-й раздел попадали суммы, уменьшающие налог, необходимо проставить их вручную следующим образом: Операции - Прочие операции - Записи книги учета приходов и расходов (УСН, Патент).