Для того, чтобы в программе 1С:ЗУП 2.5 надбавки попадали в отпускные, они должны быть внесены в штатное расписание, а не регистрироваться разовыми начислениями. Необходимо произвести следующие действия: вид расчета "Надбавки" внести в "Виды заработка, учитываемые при расчете среднего заработка" - меню "Расчет зарплаты по организациям - Настройка расчета зп - Средний заработок.