Нужно вести учет отдельно, по коммерческой и некоммерческой деятельности. Все доходы и расходы вести в разрезе разных видов деятельности. Завести отдельные субсчета для таких расчетов, для доходов и расходов. Об этом подробно написано в законе об НКО. Но вести раздельный учет нельзя, появится налог.