Если документы исчезают, это значит, что проблемы с базой, а не особенности выгрузки. Не должны! Надо смотреть, что за документы и почему такое случается – загляните в журнал регистрации – Мы бы начали анализ с него. Посмотрите время, когда совершался обмен данными. Вернуть обратно штатными средствами - никак. Может не пропало ничего, а Вы их просто не видите в силу отборов?