Не совсем понятна ситуация – вы вводите начисления по окладу для сотрудников, которые находятся в декрете в документ Начисления зарплаты организации? Просто в Бухгалтерии в отличии от Зарплаты и управления персоналом не предусмотрено никакого вытеснения расчетов.