Пришлось запрашивать 1С для полноценного ответа. Получили следующее: Конфигурация «Бухгалтерия предприятия» не поддерживает полноценный учет по филиалам. Такой учет будет реализован в конфигурации «Бухгалтерия для предприятий с обособленными подразделениями», ознакомительная версия которой доступна для скачивания на пользовательском сайте 1С.