Сложно представить, почему так происходит с Вашей базой – возможно проблема в установленных правах пользователя, который осуществляет загрузку. Без анализа базы не разобраться. В типовых правилах выгрузки проведенные документы переходят в проведенные. Возможно подключен какой-то не типовой вариант правил обмена.