Вероятнее всего в программном решении "1С:ЗУП" были вручную внесены изменения задним числом. При автоматическом заполнении в программе все расчеты производятся верно. Чтобы исправить ошибку, необходимо проверить и исправить все изменения, которые были внесены вручную.