Для того, чтобы настроить работу 1С-Отчетности для организаций с нулевой отчетностью, можно создать отдельную информационную базу и в ней настроить 1С-Отчетность. Также можно добавить новую организацию в уже созданной ИБ и там настроить 1С-Отчетность.