Для того что бы отразить вычет НДС в программе 1С:Бухгалтерия 2.0, необходимо установить флажок Отразить вычет НДС в книге покупок для отражения вычета НДС по счету-фактуре в книге покупок. Если флажок не установлен, то вычет отражается регламентным документом "Формирование записей книги покупок".